Kad je Austrija mirom u Požunu morala vratiti Francuzima tek pre osam godina dobijenu Dalmaciju bilo je jasno, da ta promena neće proći bez izvesnih kriza. Katolički elemenat Dalmacije bio je veoma konzervativan i odan crkvi, naročito njegov težački deo. Njegovo nezadovoljstvo s revolucionarnim težnjama francuskih aktivista i prijatelja bilo je iskreno i duboko, a politički se izražavalo u simpatijama za Austriju i njezino "apostolsko" veličanstvo. Kod pravoslavnih neprijateljstvo nije bilo mnogo manje. Dovoljno je bilo već to, što se Rusija nalazila u savezu s neprijateljima Francuske i što je svoje prijatelje na Primorju, a osobito Crnu Goru, poravnala u svoj front. Arhimandrit Gerasim Zelić tvrdio je, da "kler i vooptšte narod jedne i druge crkve nigda nije bio zadovoljan vladanjem i zakonima francuskijem," iako je "militar francuski bio posve političan, učtiv i dobar, tako, da se niko na nji potužiti nije mogao, da su kome jedno jaje ukrali ili koju štetu učinili".

Sa Dalmacijom zajedno imala se ustupiti Francuzima i Boka Kotorska. Stanje u toj pokrajini, i pored austro-ruskog saveza, bilo je veoma zapeto. Između Crnogoraca i Austrijanaca nikako nisu mogli da se stvore odnosi pravog poverenja. Austriske vlasti krivile su za to ne samo vladiku i njegove ljude, nego i ruske pretstavnike u Crnoj Gori. Austrija je sklopila s Napoleonom separatni mir, a Rusija je, sa Engleskom, ostala i dalje u ratu s Francuzima. Razumljivo je s toga, što se s tim u vezi postavilo i pitanje Boke: hoće li je Austrija predati, prema ugovoru, Francuzima ili dojučerašnjim saveznicima. U Crnoj Gori nalazio se od marta 1805. ruski državni savetnik Stevan Sankovski, koji je skoro vodio crnogorsku državnu politiku i koji nije bio smatran kao prijatelj Austrije. On je sam tražio od lokalnih vlasti u Boki, da se ne predaju Francuzima i pozvao je rusko brodovlje iz jonskih voda da što pre stigne u te krajeve. Ruska flota stigla je u Boku 16. februara 1806., a Crnogorci su sišli sa planina u primorje. Austriski komesar predao je potom gradove Rusima, a ruske lađe prevele su austriske posade u Trst i na Rijeku. Da su Francuzi oštro protestovali protiv toga razume se samo po sebi. Austrija se, među ostalim, branila naročito tim, da Francuzi sami nisu došli da prime Boku u vremenu koje je bilo ugovorom predviđeno i da oni nisu mogli, posle tog roka i traženja Rusije, da se izlažu eventualnoj borbi za područje za koje više nemaju nikakve obaveze. Vlast u Boki primio je za građanske poslove Sankovski, a za vojne admiral Senjavin. Prema tome, i pravno i stvarno Boka je pripala Rusima.

Ovom prilikom stradala je i Dubrovačka Republika. Francuska vojska nije mogla doći u Boku morem, jer je njena flota bila daleko slabija od ujedinjene engleske i ruske. Put preko turskog područja bio je zaobilazan, vrlo težak i ne bez opasnosti; sem toga, da bi se on upotrebljavao trebalo je odobrenje turske vlade, na koje se, u najboljem slučaju, moralo čekati više nedelja, ako bi se uopšte dobilo. S toga se francuskim vojnicima i diplomatama učinilo kao mnogo zgodnije da za prolaz upotrebe dubrovačko područje, preko koga je vodio najkraći i najbolji put. Francuski zapovednik Loriston obratio se dubrovačkoj vladi za dozvolu. Diskusija u Republici bila je o tom burna. U gradu je bilo dosta lica, koja su uviđala opasnost od toga ako Republika napusti svoju staru politiku neutralnosti, ali ih je, isto tako, bilo dosta, koji su simpatisali sa idejama nove Francuske i koji su od ranije nosili ime Sorboneza. Prevladala je ova druga grupa, nešto načelno, nešto iz straha da bi Francuzi mogli upotrebiti silu, a nešto iz uverenja da je to samo prolazna mera. Odluka bi se, verovatno otezala malo duže, da i ruska komanda nije zatražila od Republike, da se u grad pusti ruska vojska, koja bi zadržala Francuze. U toj dilemi za katolički Dubrovnik rešenje je ispalo po želji Sorboneza. Prevladao je verski i tobože slobodoumni elemenat nad plemenskim. Sem toga, u Dubrovniku je bilo straha, da za Rusima ne dođu Crnogorci, koji su u gradu Sv. Vlaha već dva-tri stoleća bili ozloglašeni kao rđavi susedi i sa kojima je, u ovo vreme, bilo neprilika i u Boki. Tako je mala Republika donela odluku, koja je postala kobna za njenu slobodu. Snažno i duboko osećana scena Iva Vojnovića Allons enfants verno prikazuje te poslednje dane dubrovačke slobode i duhovne krize njene vlastele. U gradu se odluka pravdala time, da Francuzi samo "prohodu"; u stvari brzo se videlo, da oni "dohodu" i da ostaju. Loriston je sa 1.500 vojnika stigao pred grad 13. (25.) maja 1806. Čim su ušli u grad Francuzi odmah istakoše pored dubrovačke i svoju zastavu i počeše da se utvrđuju. Brzo potom došlo je do napada saveznika na dubrovačko područje i sam Dubrovnik.