PMa kakvo da je bilo stanje srpskog naroda pod Turcima srpska crkva se s njim nije mogla nikad pomiriti. Iz prostog i jasnog razloga što je došla u podređen položaj. U staroj srpskoj državi ona je imala izuzetnih prava i vrlo velik uticaj. Krupna ličnost Svetog Save davala joj je naročit značaj. Od Nemanje do despota Đurđa svi su joj vladari bili štedri priložnici i ukazivali joj naročitu pažnju. Posle sloma srpske države nestalo je i tog uticaja i te milosti. Srpska crkva pretrpela je s državom zajedno nekoliko teških udara, i kad je, posle prve oluje, nastalo zatišje sveštenički red je osećao, da će srpska crkva u najboljem slučaju biti samo trpljena. Islam i njegovi pripadnici imaće svuda prednost i kao takvi dovodiće u iskušenje mnoge "plahe i lakome." S toga svi naši sveštenici, skoro iz reda, uzimaju neprijateljski stav prema turskom osvajaču u svojim intimnim beleškama i razgovorima, i to bez obzira kakve su sve stvarne razlike među licima na turskom prestolu i u turskoj upravi. Oni su svi za njih, kao i za ostalo hrišćansko sveštenstvo, samo "bezakoni", "bezbožni", "trojicuhulni", "trikleti" i "nečastivi."

Mi do danas nismo sasvim načisto s pitanjem šta je bilo sa srpskom patriaršijom posle smrti Arsenija II, koji je bio patriarh 1459. god. Zna se, da posle njega Srbi nisu imali drugog patriarha, ali se ne zna da li je to bilo s toga što nisu mogli ili što nisu hteli da biraju patriarha. Naši letopisi i toliki zapisi, koji su zabeležili mnogo drugih stvari, ne kažu nigde da su Turci tada otstranili patriarha ili ukinuli patriaršiju. Bilo bi čudno, da to čine u Srbiji, kad to nisu hteli da izvedu u Carigradu. A činjenica je, međutim, da patriarha nije bilo i da je to dovelo do izvesnog poremećaja u crkvi. Samo taj se poremećaj nije javio odmah ili tokom XV veka, nego tek dvadesetih godina XVI.

Sultan Mehmed II smenio je bivšeg ohridskog arhiepiskopa Doroteja i mesto njega je postavio ranijeg carigradskog patriarha Marka. Onaj je Dorotej, prema jednom zapisu iz 1466. god., obilazeći svoju oblast, bio svratio i u Kratovo i tu zatražio, da mu se prepiše jedan zakonik za ohridsku crkvu srpskim jezikom, jer je imao samo grčki tekst. Kratovo je ranije bilo u srpskoj vlasti i pripadalo je ranije pećkoj patriaršiji. Da nije ovo traženje srpskog zakonika bilo u kakvoj vezi s namerom, da ohridska arhiepiskopija preuzme vrhovnu vlast nad srpskom crkvom? Odgovora na to pouzdanog nema, ali se zna, da je ohridska crkva doista uzela na se jurisdikciju i nad srpskom crkvom. Iz početka, koliko se danas stvari mogu pratiti, srpska je crkva radila potpuno u tradiciji Sv. Save i nije imala nikakvih smetnji, iako su Turci, prema jednom našem zapisu, "neštedno poražavali pravoslavne vere ustave", pa među njima, možda, i patriaršiju. Božidar Vuković iz Podgorice štampao je u to vreme, od 1519-1538., čitav niz crkvenih knjiga i tekstova u Mlecima, u svojoj štampariji, s dobrim crkvenim pomagačima, ispunjavajući tim veliku prazninu, nastalu u radu prepisivanja rukopisa u ovim metežnim vremenima. Izvestan kulturni polet srpskog monaštva toga vremena, a svakako i turske tolerancije, pokazuje osnivanje srpskih štamparija u Mileševu, Goraždu, Rujnu, Gračanici, Beogradu. Broj srpskih kaluđera toga doba nije bio mali. U manastiru Dobrunu našao ih je B. Kuripečić osmoricu, u Mileševu ih je bilo 1550. god. pedeset. Na Kosovu 1530. god. bila je "u svakom selu crkva i svećenik". U to vreme, do prve polovine XVI veka, podignuto je u našim zemljama više crkava i manastira, a od znatnijih iz tog vremena datira trebinjski manastir (Tvrdoš, 1508.), Ozren, Lomnica, Vozuća. A nekoliko carskih fermana izrično naređuje, da se postojeći manastiri ne diraju. Srpske crkvene starešine toga vremena, osećajući se kao u neku ruku povlašćeni prema katolicima, išle su čak tako daleko, da su od njihovih sveštenih lica i crkvenih dobara tražile izvesne prihode za sebe. Katolici su se s pravom bunili protiv toga i tražili zaštite na najvišim mestima. Do prve polovine XVI veka očuvano je nekoliko sultanskih fermana, koji su tu praksu zabranjivali, ali koja se ipak produžavala zahvaljujući potpori izvesnih lokalnih vlasti. Česti ratovi s Austrijom i Mlecima XVI veka pojačavali su mržnju protiv katolika i omogućavali su takve postupke. Turci ovoga vremena nisu pravili pravoslavnima nikakvih većih smetnji ni u kretanju po zemlji, pa čak ni u vezama sa inozemstvom. Kaluđeri raznih manastira išli su u "pisaniju" po celom Turskom Carstvu, a prelazili su i u Vlašku, pa i u Rusiju, da na dvorovima i kod bogatih boljara i crkvenih krugova traže pomoći za svoje crkve i obitelji. Uticaj srpske crkvene pismenosti i srpskog književnog dialekta osvojio je u to doba skoro celo područje slovenskog Balkana. U Bugarskoj se tada, na više strana, oseća taj srpski uticaj; njihovi ljudi iz Ćustendila i Sofije deluju kao srpski štampari.

Upada u oči u XVI veku neobično prošireni pojam Mađedonije u našim krajevima. U narodnim pesmama u Mađedoniju se računaju Smederevo i Peć. Pomenuti štampar Božidar Vuković kazuje 1519. god. za sebe, da je otačastvom iz Podgorice "u predelima maćedonskim", a posle tako isto govore za sebe i neki pisari iz hercegovačke Zavale, iz Morače, pa i iz Sarajeva. Vuk Karadžić je tvrdio "da su se Maćedonija srpski zvale sve zemlje naroda našega", dok je I. Ruvarac mislio, da je to označavanje stvar sujete, "hoteći da se prave važni i da svoje poreklo dovode iz tako važnih istoriskih mesta, kao što je bila Filipa i Aleksandra Velikoga Maćedonija". Tumačenje je, međutim, mnogo prostije. Naziv Maćedonije za sve srpske zemlje proširio se od onog vremena, kad je Ohridska crkva obuhvatila pod svojom vlašću sve te oblasti.