Nesmetan ni od koga, nezamoren godinama i tolikim podvizima, sultan Muhamed II beše rešio, da 1478. god. svrši konačno sa Albanijom i da uzme uporno branjeni Skadar, koji je bio središte mletačke vlasti i uticaja u tom kraju i u susednoj Zeti. God. 1478. pala je Skender-begova Kroja i sam sultan primio je gradske ključeve. Godinu dana potom klonuo je i Skadar, pred kojim je sultan, kao primer zastrašivanja, dao poseći 300 građana iz osvojenog Drivasta. Ivan Crnojević je pošteno pomagao Mlečanima, ali im nije mogao pomoći. Šta više, navukao je na se gnev neumoljivog Muhameda. Iza Albanije došla je odmah na red i Zeta. Turci su bez velike muke zauzeli njegov Žabljak, a posle i njegovu zemlju. Da ne pane u ropstvo Ivan je, kao i mnogo njegovih albanskih suseda, prebegao u Italiju, da, željan otadžbine, jede emigrantski hleb.

U taj mah izgledalo je, da je došao sudnji čas i Dubrovniku i Hercegovini. Sultan beše izdao i zapovest, da se dubrovačka oblast podvrgne njegovim susednim sandžak-begovima. Hercegovački namesnik i provali potom u Konavlje i opleni ga. Uplašeni Dubrovčani poslaše posebne ljude na Portu, koji izmoliše poštedu priznavajući sultana i povisivši mu danak. Sultan im je na to 30. novembra 1480. priznao "državu koju držite i vladanje i ljude". Hercegovima je ovog puta, u koliko je još postojala na primorju, ostavljena na miru.

Dok se kralj Matija nosio s carem Fridrihom Turci su, zvanično, bili neutralni, ali su susedne paše iskorišćavale svaku priliku da ugrabe štogod u svojoj blizini ili da i inače postignu štogod za sebe i svoje. Da bi što više naškodio caru Fridrihu Matija je čak pristajao, da Turci preko Hrvatske napadaju careve zemlje, da bi mu paralisale snage i izazivale pometnju među podanicima. Da takvi turski pohodi nisu mogli proći s mirom i za Matijine zemlje razume se samo po sebi. Takav je jedan od težih slučajeva bio i 1480. god., kad je bosanski paša Daud, po povratku iz Štajerske, opustošio i susedne ugarske oblasti. Kad su pregovori o naknadi štete ostali jalovi naredi Matija brzu kaznenu ekspediciju protiv Bosne. Početkom novembra prešla je njegova vojska Savu i stigla bez teškoća do blizu Jajca. Pre toga je jedan odred konjice od 3-4.000 ljudi, pod vođstvom despota Vuka, jajačkog bana Petra Docija i hrvatsko-slavonskog bana Ladislava Egervaria, u brzim marševima jurnuo prema Sarajevu. Upao je u iznenađeni grad nesmetano i harao ga tri dana. Turci su bili zbunjeni celom tom akcijom i povukli su se u vrhbosanske planine. Pošto su se pribrali od prvog straha organizovali su otpor i stali su napadati Matijinu vojsku kad se s plenom vraćala prema Jajcu. Dosta oštre borbe vodile su se oko Lašve. Kralj Matija je sam o njima javljao papi pretstavljajući ih kao veliku hrišćansku pobedu. O toj avanturi, koja nije ništa promenila u stanju zemlje, sačuvala se i jedna zanimljiva pesma, prva umetnička pesma jednog muslimana na srpskom jeziku, koja se pripisuje u Bosni još uvek veoma popularnom Ajvaz-dedi. U Italiji na takve se radosne vesti u ovaj mah čekalo s naročitom čežnjom, jer je tamo, posle turskog iskrcavanja u Otrantu, u avgustu, bio zavladao velik strah. Sav je svet sa zebnjom čekao kakva dalja sudbina čeka južnu Italiju i možda sam Rim.

Hrišćanski strah smirila je nenadna vest o smrti silnog i opasnog Mehmeda II, koji je završio život od kolere, 3. maja 1481., upravo u vreme kad je spremao napad na Rodos i njegove johanitske vitezove. Odmah iza njegove smrti počela je duga borba između dva mu sina, Bajazita i Džema, koja je u prvo vreme sprečila Turke da preduzimlju nove podvige. Jedno vreme se među hrišćanima čak verovalo, da bi ta borba mogla izazvati krupne poremećaje u tobože još nekonsolidovanom Turskom Carstvu. Međutim, sve su te nade ostale prazne. Turska vojnička snaga čvrsto je držala vlast i osigurala presto Bajazitu. Protiv nje nisu smeli ništa da pokušaju zaplašeni i skrhani hrišćanski podanici, a rastrojeni susedi više su računali s turskim međusobicama, nego sa sopstvenom snagom.

Koliko Turci nisu bili ozbiljno pokolebani tim sukobom između braće vidi se najbolje po tom, što su nesmetano nastavljali svoje akcije na Balkanu. Hteli su, da konačno reše i pitanje Hercegovine. Herceg Vlatko je možda poverovao, da su mađarski upad u srce Bosne i međusobne borbe među Turcima, i njihovo povlačenje iz Otronta, bili znak da turska zvezda tamni. On je u proleće, 1481., upao u Bosnu, u isto vreme kad je i Nikola Dukađin počeo akciju u Albaniji, očevidno s poticajem napuljskog vladara kralja Ferdinanda, koji je hteo da odbije turski interes od južne Italije. Ali za svoj pokret Vlatko nije našao nikakva odziva. Nije ga pomogao niko, ni u zemlji ni sa strane. Daut-paša bosanski namesnik, oborio se na nj svom snagom i razbio ga potpuno. Vlatko se jedva, s nešto vojske, spasao u Novi. Tamo mu je tek stigla u pomoć jedna četa mađarskih vojnika, koje mu beše uputio kralj Matija.

Na tužbu hercegovačkog namesnika Ajaz-paše, da Dubrovčani snabdevaju hranom i drugim potrebama Vlatka i Mađare u Novom, zapretio je novi sultan Bajazit II Republici vrlo ozbiljno. To je doprinelo da se ona trgne i da grad, opkoljen od Turaka, moradne popustiti možda i pre nego što je mislio. Krajem januara 1482. njegova je sudbina bila rešena. Izaslanik Ajaz-pašin, vojvoda Ferhat, tražio je od Republike tri barke, da bi se u njima prevezli oni Mađari koji su predali grad. Herceg Vlatko sklonio se ranije. Grad se predao po sporazumu, pošto su Turci pristali da mađarska posada slobodno iziđe i pošto su se oni sami pobrinuli za prevoz. Ti Mađari došli su 31. januara u Dubrovnik, a odatle su otpremljeni dalje.

Od cele Hercegovine ostala su samo još dva-tri mala utvrđenja na ušću Neretve, koje su držali Mađari. Među njima je bilo ponajvažnije danas skoro sasvim zaboravljeni Koš. Sva ostala Hercegovina došla je u turske ruke. Njeno administrativno središte bilo je najpre u Hoči (Foči), koja je pala pod Turke verovatno 1471/2. god., a onda se postepeno pomeralo prema zapadu, odnosno sa Drine na Neretvu.

Narodno predanje očuvalo je mnogo pomena o Hercegu Stepanu, daleko više nego o njegovim nemirnim sinovima. Njegova krupna ličnost, sasvim prirodno, obuzela je skoro ceo narodni interes. U tim pomenima on ne izgleda uvek lepo; mnogo nedela, i materialnih i moralnih, vezano je za njegovo ime; u izvesnim njegovim postupcima naslućuje se i vidi izvor cele docnije nesreće. Ali je on, nema sumnje, jedna od najkrupnijih ličnosti naše historije iz druge polovine XV veka, nemoralan ne samo po ličnim sklonostima, nego kao proizvod vremena i sredine u kojoj se razvio. On je tipičan pretstavnik vremena, kad je lično i sebično vladalo nad opštim, u jednoj zemlji gde je idealnog i idealisanog u porodičnom i državnom životu bivalo sve manje, i gde primeri ličnog požrtvovanja za nešto Veliko i Svetlo nisu mogli da zasijaju i krenu ljude na epske podvige. I s toga je Hercegovina pala više kao težak i kužan bolesnik, nego kao junak čija pogibija znači u isto vreme i novi život.