Obnovljena patriaršija radila je nesmetano na jačanju vere. Na nekoliko strana podižu se nove crkve. Tako je, na pr., bogati Nikola Pepić iz Kratova, obnovitelj manastira Lesnova 1558. god. podigao u Šibinu crkvu Sv. Đorđa, 1559. god. početo je građenje crkve u Tronoši, a 1561. obnovljena je sama pećka crkva. U Gračanici dozidao je patriarh Makarije novu pripratu. Iza toga dižu se crkve i manastiri po drugim stranama. Manastir Grabovac podignut je sa naročitom milošću budimskog vezira, što manastirski letopis sa priznanjem ističe. Srbi u Ugarskoj dobijaju deset eparhija, a u Bosni više manastira. U Mrkšinoj crkvi proradila je 1562. god. mala crkvena štamparija, a iduće godine u Skadru druga. U Bosni, piše jedan naš pisar 1564. god., bio je turski namesnik Mustafa-paša Sokolović, "srodnik blagočastivom i hristoljubivom patriarhu pećskom Kir Makariju".

Kod preseljenih Srba u Austriji bilo je, pod uticajem tih vesti i pojava, nekoliko manjih i većih pokreta da se vrate natrag u Tursku. Naročito je bio važan pokret uglednog Šobota Popovića iz 1565. god. On je osuđen na smrt i pogubljen u Ljubljani što je pomagao Turcima da preotmu Krupu i što je spremao seobu u Tursku. Od 1577. god. Austrija je pomišljala i radila da izvede prave ekspedicije protiv Srba u Lici, koje su Turci tamo naseljavali, jer su im smetali i kao protivnici i kao agitatori kod njenih Srba. Pojedini granični zapovednici izvodili su takve akcije i na svoju ruku, a i sam hrvatski sabor je u više navrata raspravljao o srpskoj opasnosti u Lici i o suzbijanju njihovih četničkih upada.

Pa ipak Srbi nisu bili zadovoljni; naročito je bilo mnogo turskih nezadovoljnika među sveštenstvom. God. 1560. pisao je jedan pisar u manastiru Sv. Trojice kod Plevalja o "tugama i tegotama na hrišćane", s kojima se, veli, postupalo kao sa "skotom nesmislenim". Naročito su česti pomeni o stradanjima hrišćana povodom nove turske ofanzive protiv Austrije 1566. god., kada se istakao svojom junačkom odbranom Sigeta bivši hrvatski ban Nikola Zrinjski. "O teško tada hrišćanskom rodu i svima zapadnim stranama od bezakonih Agarjana", beležio je jedan naš pisar pod Mojsinjem. Drugi jedan pisar, u opširnom zapisu, opisuje tursku silu i njihovu bezobzirnost prema hrišćanima. Ističe "ljutu skrb i bezakono nasilje i teške namete" i stradanja crkava. Sultan Sulejman, kazuje jedan letopis, bio je "ljut kao zver" i pravi drugi Artakserks. Tih godina, pod pritiskom, izvršeno je dosta preveravanja.

Taj pohod Sulejmanov bio je poslednji. S njega se nije ni vratio. Još dok je opsedao Siget njega je, već stara i izmorena, snašla smrt. Sokolović, koji je od 1582. god. bio carski zet, dobivši za ženu kćer careva sina i prestolonaslednika Selima, i koji je od 1565. god. zauzimao mesto velikog vezira, držao je svu vlast u svojim rukama. Da bi u tuđoj zemlji sačuvao vojsku od rasula i da bi pripravio presto svom tastu, da ga dobije bez ikakvih potresa, on je, po turskim saopštenjima, tajio pred vojskom sedam nedelja njegovu smrt. Tek kad je novi sultan, Selim II, došao u Beograd Sokolović je, obezbedivši se potpuno, na povratku, u Sremu, saopštio vojsci smrt sultanovu. Od Mitrovice pretvorio se povratak vojske u pogrebnu povorku. Okolina novog sultana pokušala je da potisne Mehmed-pašu, koji je imao mnogo protivnika, ali je on, vešt i energičan, uspeo da je izigra. Posle toga on je kod svog alkoholičarskog tasta dočepao stvarno svu vlast.

Zanimljivo je, da se i u širokim narodnim redovima znalo za strasti Selimove; jedan naš zapis iz 1567. god. kaže za nj kratko, ali dovoljno, da je bio "krvnik, bludnik i vinopija". A zabeležio ga je te godine naročito po tom, što je po celoj državi kupio danak u krvi, da bi zanovio janičare, čija je disciplina već počela popuštati. Naši letopisi beleže za nj 1567/8. god., da je "prodao crkve i manastire po celom svom carstvu". Nije ih, kaže druga beleška, hteo razarati, nego s njima trgovati. Na manastire su udareni toliki nameti, da ih je jedva bilo moguće podneti. A ko nije mogao da "iskupi" manastir bio je oteran. Spomen o Selimu ostao je u našem narodu vrlo negativan, i pored Sokolovićeve saradnje. Svakako za to što je vodio ratove protiv više hrišćanskih zemalja i što je, za vreme tih ratova, i naš elemenat bio izložen teškim progonima.

Evropska Turska delila se u to vreme u četiri velika namesništva: Rumelija, Bosna, Banat i Budim. U Bosnu je bila računata i Slavonija, kao i osvojena Dalmacija; a sva Srbija, severna i južna u Rumeliju, samo je zvornički sandžak obuhvatao i nešto srbijanskog Podrinja. Oblasti ili ejaleti delili su se u sandžake. Sulejman Veličanstveni, zvan Al-kanuni, "zakonoša", trudio se da u tom prostranom carstvu osigura trajan poredak i postigao je nesumnjivo vrlo lepih uspeha. Ali prostranstvo carstva bilo je već i za njegove vlade, kao i svuda na svetu, dovoljan preduslov da se dobre namere zakonodavca mogu izigravati. Iza njegove smrti, za Selimove vlade, počinje polagani proces razobručavanja, koji će vremenom uzimati sve više maha. Dvorske i haremske spletke sprečavaju aktivnost i solidnost uprave, a suparništvo velikih kvari vojsku, unosi korupciju i izaziva stalna trvenja. Već Sokolović nije bio slobodan od izvesnih postupaka samovolje, podmetanja i spletkarenja; drugi posle njega u još većoj meri iskorišćavaju ta sredstva, nemajući njegovih sposobnosti. Sem toga, kao mnoge druge sile i Turska ovog vremena počinje patiti od oskudice finansiskih sredstava, koja se namiču teškim pritiskom na narod i na sve grane privrede.