Ali je Herceg ubrzo ušao u druge avanture. Njegovi odnosi s Dubrovnikom postajahu iz dana u dan gori. Pogranične razmirice razviše se u prave sukobe. Stepan je, uz to, vodio jednu ekonomsku politiku, koja je htela što veću emancipaciju Hercegovine od dubrovačkog tržišta. Otvorio je čak 1449. god. u Novom i prvu našu fabriku čohe. Dubrovčani su se, povodom raznih Hercegovih mera, potužili i mađarskom kralju, pa su uputili i posebnog poslanika na mađarski sabor. Želeli su, da kralj Tomaš dobije poseban mandat za rešavanje tog pitanja i da Mađari upute u Bosnu i jednog posebnog izaslanika, koji bi pokazao interes za ovo pitanje. Radili su protiv Hercega i kod pape, tražeći pomoć i duhovnu potporu. Mađarski sabor, sa Jankom Hunjadijem, prihvatio je dubrovačke molbe. Herceg je, obavešten o tom, tražio oslonca kod Porte i molio od sultana dozvolu, da može, prema potrebi, napasti Dubrovnik.

Za ovo vreme beše umro sultan Murat II (4. februara 1451.), a na presto je došao njegov sin daroviti, borbeni i veoma preduzimljivi Muhamed ili Mehmed II, koji će iz osnova izmeniti kartu Balkana. U Dubrovnik stiže vest, da je novi sultan dao slobodno ruke Hercegu, pošto Republika priznaje vrhovnu vlast njemu neprijateljskog mađarskog dvora. Uplašeni Dubrovčani obratiše se hitno starom despotu, da se ovaj zauzme za njih i na Porti i kod Stepana. Mađarski poslanik, koji je bio došao Stepanu, nije postigao mnogo, isto kao ni poslanstvo kralja Tomaša. Dubrovčani su se, u nevolji, obratili ponovo i mađarskom i bosanskom dvoru i dalmatinskom banu Petru Talovcu tražeći stvarnu vojničku pomoć ili što neposrednije posredovanje. Pozivali su Hunjadija, da on lično dođe u Bosnu. Tom prilikom mogao bi osvojiti grad Hodidjed, koji su Turci držali, i preseći učvršćivanje Turaka i turskog uticaja u toj oblasti.

Kralj Tomaš nije se za njih mogao energičnije založiti. Njemu je taj spor između Hercega i Dubrovnika izgledao čisto lokalan. Mesto na jug, on je svu svoju pažnju obratio na istok, stalno sa neprijateljskim stavom prema despotu. Krajem aprila 1451. tražili su njegovi poslanici u Mlecima, da Republika ostane neutralna u ratu, koji će Bosna doskora imati sa despotovinom. Mlečani su im obećali ne samo to, nego još i svoje posredovanje kod sultana, da se Turci za to vreme ne bi obrnuli protiv Tomaša. To obećanje nije bilo od nekog značaja, pošto ni sami Mlečani nisu stali Bog zna kako na Porti. To se, u ostalom, videlo vrlo brzo, kad su turske čete upale u Bosnu iznenada i nanele tamo mnogo štete. Dubrovčanima nije mogao pomoći ni ban Petar, koji je imao pune ruke posla u Hrvatskoj i koji je uz to bio u zavadi i sa Hunjadijem i sa kraljem Tomašem. On je, šta više, sam molio Dubrovčane, da posreduju za nj kod moćnog mađarskog namesnika, a sa Tomašem se sam nosio ne bez uspeha. Mletačka Republika, kojoj su se obraćali za pomoć i Herceg i Dubrovnik, ostala je neutralna, ali je štetila Dubrovčanima u toliko, što nije davala njihovoj floti slobodan razmah u Boki Kotorskoj i sprečavala, da se Herceg s vodene strane snabdeva hranom i oružjem.

Formalni rat između Hercega i Dubrovnika počeo je tek krajem juna 1451, iako su sukobi bili učestali od jeseni prošle godine. Vojnički Dubrovčani nisu bili dorasli Stepanu, a znali su dobro i to, da će oni, ma kako se rat vodio, pretrpeti veći deo štete. Za sam svoj dobro utvrđeni grad oni se nisu bojali, ali su strahovali za celo područje van gradskih zidina i za svoju trgovinu i njene veze. S toga su preklinjali Hunjadija, da lično dođe u Bosnu; "to je put našeg spasenja", govorili su skoro s očajanjem. Hunjadi je pomišljao na to i čak obećavao. Ako on ne bi mogao doći Dubrovčani su molili da bar pošalje svoju vojsku, kojoj bi se, s bosanskim četama, stavio na čelo kralj Tomaš. Ali da bi se to postiglo trebalo je da dođe do izmirenja sa despotom.

Za novog sultana Mehmeda II verovalo se, da ima izvesnih obzira prema despotu zbog despotove ćerke, umne sultanije Mare, koja je vaspitavala Mehmeda i koju je on veoma cenio. Zbog sukoba sa Mađarima despot se i sam bio znatno približio Turcima, mada između njih nikad nije bilo pravog uzajamnog poverenja. Sam je Hunjadi vezao svoj dolazak u Bosnu za izmirenje s despotom; i sam Tomaš video je, da bez tog ne sme da se upusti ni u kakvu težu obavezu. I on je molio Dubrovčane da posreduju za mir. Ovi su to odmah prihvatili i počeli rad.

Dubrovačka vojska pretrpela je 1. jula kod Tombe potpun slom. Republika je odmah potom ponudila Hercegu mir, ali je njegovo traženje, da mu se povrati Konavlje, onemogućilo neposredni sporazum. Otišlo se na arbitražu pred Portu. Za to vreme Dubrovčanima je pošlo za rukom da izmire despota i kralja Tomaša. Cena izmirenja bio je povratak Srebrenice, koja je došla u despotove ruke krajem jula. Došlo je potom i do sporazuma između despota i Mađara. To je učinilo, da su Dubrovčani digli glavu i počeli tražiti od prijatelja, da ih ne samo zaštite, nego i da im obezbede dobijanje Hercegove župe Dračevice i grada Novog. Otpornost Dubrovčana pojačao je i razdor u Hercegovoj porodici. Herceg Stepan bio je sve više nego čovek čvrsta karaktera i moralne ispravnosti. U ovo vreme ljuto je uvredio svoje najbliže. U Hercegovinu, sa nekim trgovcima iz Firence, beše došla i jedna lepa dama, neka dona Jelisaveta, koju Herceg zavoli i uvede u svoj dom. Sva je porodica skoro ustala protiv te veze, i majka, i žena Hercegova, i njegov najstariji sin, knez Vladislav. U Drinaljevu, 15. avgusta 1451., potpisao je Vladislav savez sa Dubrovčanima protiv svog oca i odmah otpočeo borbu. Ovaj porodični skandal pročuo se po mnogim stranama ondašnje južne Evrope, pa je rano postao predmet narodne poezije i narodnog pričanja. Ohrabreni ovim savezom i izmirenjima između despota i kralja Tomaša Dubrovčani nisu više navaljivali sa onakom upornošću, da Hunjadi dođe u Bosnu. Kad je ovaj, po njihovoj ranijoj želji, izjavio da bi došao tamo sa 20.000 vojnika, ali da pre toga želeo znati koliko će Dubrovčani doprineti finansiski za tu ekspediciju, oni su čak odgovorili kako to traženje nije ispravno, pošto je Dubrovnik deo mađarskog kraljevstva, pa je mađarska dužnost da ga sami brane. Mesto da daju novac za tu vojsku oni su došli na drugu misao. Despot, kralj Tomaš i Dubrovnik imaju ponuditi sultanu 150.000 dukata za Hercegovinu, pa da tako, lakše i brže, reše celo pitanje. Despotu se nudila Hercegova oblast do Drine, Dubrovnik bi dobio Dračevicu, Trebinje s Površi i Lugom i župe Vrm i Vrsinje, a kralj ostatak Hercegovine. Republika je pristajala da plaća Porti i onaj harač, koji joj je davao Stepan. Protiv Hercega oni su pridobili i humskog vojvodu Ivaniša Vlatkovića. Posle dužih pregovora sklopljen je 18. decembra 1451. u Bobovcu savez između kralja Tomaša i Dubrovčana. Kralj je obećao da će odmah napasti na Hercega, a Dubrovčani su mu za izdržavanje vojske dali 6.000 dukata. On je njima priznao, i teoretski ustupio, Vrsinje i Dračevicu, suzivši znatno njihove ranije teritorijalne zahteve.