Gradnja manastirske crkve završena je oko 1381. godine. Hram ima sve odlike moravske škole. Ktitor i osnivač manastira je hilandarski monah Dorotej, uz pomoć dvora kneza Lazara.
Po jednom narodnom predanju kao ktitor se pominje i despot Stefan Lazarević u momačkim godinama. Manastir je znatno porušen 1454.godine od Turaka. Potpunu obnovu Naupara doživljava 1835. godine zalaganjem braće Simić, o čemu govori natpis na ploči kod ulaza u crkvu.

Osnova crkve je sažeti krst trikonhosnog oblika sa kubetom na pilastrima visoko izdignutom pomoću kockastog postolja. Priprata sa snažnom kulom građena je zajedno sa hramom, ali je punim zidom odvojena od naosa. Crkva je zidana grubo obrađenim kamenom i ima dva kordonska venca. Pretpostavlja se da je cela građevina preziđivana. Za razliku od jednostavne obrade fasade, Naupara ima izuzetno bogato ukrašene velike kamene rozete, najlepše u celoj ovoj grupi spomenika. Svojim umetničkim stremljenjima najveća rozeta neprevaziđena je u moravskoj skulpturi. Dve se nalaze na zapadnom delu priprate. Crkva je bez živopisa koji je verovatno uništen u vreme preziđivanja.