Među muslimanima Bosne i Hercegovine vladalo je veliko nepoverenje prema Francuzima. Pamtio se Napoleonov upad u Egipat i ljudi su se bojali neke prevare. U toliko više što je iniciativa da Francuzi preko Bosne idu na Dunav dolazila stalno s njihove strane i što su se njihovi oficiri i ljudi bili razmileli po granici i po zemlji. Nepoverenje muslimana u đaure nije se dalo pokolebati, makar oni pristupali i sa najprijatnijim licem. Zbog straha od njih izvesni lokalni kapetani i vođi nisu hteli da ostavljaju kuću i idu u vojsku.

S toga je saradnja Selima III sa Francuzima stala sultana glave i prestola. Osećajući da sopstvenom snagom ne može smiriti zemlje i voditi uspešan rat sa Rusima, sultan je pokazivao otvorenu želju, da zamoli francusko vojničko posredovanje. Nezadovoljna ulema i masa, s nešto dvorskih lica, svrgnula je 15. maja Selima s prestola i dovela na nj Mustafu IV. Malo potom Selim je bio ubijen, jer su ga janjičari mrzeli kao svog najvećeg dušmanina. Poruka novog sultana u Bosnu glasila je otvoreno, da Turcima francuska pomoć nije potrebna i da oni izagnaju Francuze iz svoje zemlje, ako se u njoj nalaze.

Razočaran u svoje saveznike i posle teškog poraza koji mu je Napoleon naneo kod Jelave car Aleksandar se rešio na mir sa Francuzima. Napoleon je oberučke prihvatio ponudu i tako je 25. juna 1807. sklopljen ugovor u Tilzitu, koji se domalo pretvorio u savez. Tim ugovorom bilo je predviđeno i obustavljanje neprijateljstava između Rusije i Turske, pa čak i povlačenje ruske vojske iz Vlaške i Moldavske. Rusi su, po Tilzitskom Miru, imali vratiti Francuzima i Boku Kotorsku. O Srbima nije bilo predviđeno ništa. Ruski zapovednik Miheljson upozoravao je posle na taj nedostatak. U Sloboziji, gde su pregovarali ruski, turski i francuski izaslanici, ruski pretstavnik se zauzimao da i Srbi budu obuhvaćeni tim mirom, ali Turci nisu pristajali oglašujući ih ne kao zaraćenu stranu nego kao svoje pobunjene podanike. Tako se dogodilo da u pisanom ugovoru od 12. avgusta o Srbima nije unesena ni jedna reč. Car Aleksandar nije odobrio taj ugovor, koji ni inače nije bio povoljan po Ruse, ali je ta činjenica ipak bila od osetna uticaja na kasnije srpsko-ruske odnose. Ona je delovala nepovoljno u toliko više, što je samo nekoliko nedelja pre toga, 28. juna, ruski izaslanik pukovnik markiz Pauluči, inače problematičan tip, sastavio sa Srbima u vojnom logoru kod Negotina "dogovor", odnosno pismeni ugovor, kojim se Srbija potpuno stavila pod zaštitu Rusije.

Tokom avgusta 1807. god., prema Tilzitskom Ugovoru, napustili su Boku Rusi, a sa njima i Crnogorci. Francuzi, iako je prošla opasnost s te strane, nisu hteli da napuštaju ni dubrovačkog područja, koje im je imalo poslužiti samo privremeno. Bez ikakve stvarne potrebe oni su rešili da ukinu i u taj mah čisto formalnu slobodu stare Republike. U nedelju 19. (31.) januara 1808. proglašeno je njeno formalno ukidanje. Sva posredovanja bila su uzaludna, pa i ona koja su preduzimali Turci, kao njezini protektori. Osećajući dobro kakvo su veliko dobro izgubili sa svojom slobodom veliki deo dubrovačkih plemića rešio se tada da se nikako ne ženi u novome ropstvu, da ne bi rađali ne više slobodne građane Republike nego tuđe robove. Ta je odluka dovela dotle, da je danas skoro sasvim izumrlo staro plemstvo dubrovačko. Do god. 1926. održalo se bilo svega osam porodica, a danas ih nema ni toliko. Tako je završila istorija jednog izuzetno značajnog grada našeg primorja u njegovoj staroj slobodi, sa njegovom državom i njegovim posebnim osećanjem građanskih i nacionalnih dužnosti.

Ugovor s markizem Paulučijem predviđao je, da Rusija pošalje u Srbiju jednog posebnog "zemlje-upravitelja", koji bi uredio zemlju i narod i izradio ustav za Srbiju. U tom ruskom zemljoupravitelju izvesni ljudi u Srbiji gledali su jednu vrstu protuteže Karađorđevom apsolutnom uticaju. Rusko neaktivno držanje u Krajini, gde su operisali sa vrlo malim brojem vojske, njihovo povlačenje, sve ove nezgode u pregovorima o miru, koje nisu donele Srbima ono što im se obećavalo, ostavili su na Karađorđa vrlo mučan utisak. Njegovo oduševljenje za Ruse, u koliko ga je uopšte moglo biti, znatno je ohladnelo.

U izvesnim časovima moglo se čak osetiti, kako se on, sa osećanjem nelagodnosti i straha od njih, ustručava da im se poveri. Da se Karađorđe u tom držanju opredeli negativno doprineo je veoma mnogo i ruski general Konstantin Konstantinović Rodofinikin, koji je, po srpskoj želji, bio poslat u Srbiju kao neka vrsta ruskog pretstavnika u Upravnom Sovetu i kao onaj potrebni administrativni stručnjak koji je trebao da uvede red u zemlji. Kara-đorđe je govorio, da je on generalni konzul. Rodofinikin je bio rodom Grk, čovek vešt, ali spletkar i nadmen. Svoj položaj shvatio je tako kao da on ima da bude najviša vlast u zemlji i svetionik među varvarima. Od prvog dana svog dolaska on sa Karađorđem nije dobro. Karađorđu je bilo neprijatno sve: i to što on uopšte dolazi; i što dolazi on, a ne ruska vojska, koja bi bila više potrebna; zatim, što nije poslat neki Rus a ne ovaj Grk, koji, kao i grčke fanariotske vladike, nisu bili rado gledani u zemlji; i, najzad, što je stupio u vezu sa nekim ljudima koji su važili kao Karađorđevi protivnici. S toga Karađorđe ne učestvuje pri njegovu dočeku u Beogradu. Kada mu Rodofinikin šalje posebnog izaslanika, da ga pozdravi, Karađorđe se uzbuđuje kada ga vidi u odelu carigradskih Grka i dočekuje ga da ne može biti gore. Odnošaji su se posle, za izvesno vreme, nešto popravili, ali srdačni nisu bili nikad dok, najposle, ne postadoše dušmanski.