U aprilu 1705. umro je austriski car Leopold. Srbi su i od njega, u vezi s Rakocijevim ustankom, tražili novu potvrdu privilegija sa ustaljenijim shvatanjima o njihovoj važnosti. Posle njegove smrti to je moralo biti naročito potrebno, da bi se jasno odredio stav novog cara. Novi car, Josif I, ispunio je srpske želje 13. (24.) februara 1706. Ali patriarh nije bio tim zadovoljan. Potvrda je općenito pominjala privilegije, ali nije uzimala u obzir njihove povrede i sankcije i godinama stečeno iskustvo, do čega je Srbima bilo najviše stalo. Oni su hteli, da se njihov položaj jasno obeleži, kako ne bi bilo dvosmislenosti i zaobilaženja i zloupotreba. Novu pretstavku patriarhovu car je uputio na mišljenje kardinalu Koloniću. Kakvo je bilo gledište njegovo na srpsko pitanje vidi se jasno po ovom njegovom objašnjenju kako Srbi tobože pogrešno tumače svoje privilegije: "Oni izvode, da je po glasu istih njima dozvoljeno ne samo da sada "šizmatici" budu, već da kao takvi t. j. odeljeni od katolika i rimske crkve i dalje ostati mogu. No to im se ne može nikako dopustiti, jer ne samo da to sv. naša katolička vera zabranjuje, nego je odlučno protivno i samom državnom razlogu; to iskustvo nas dovoljno uči, šta je sve razlika u veri po Ugarskoj počinila u nedavno prošla vremena, a istorija nam kazuje šta je sve događalo se zbog toga i po drugim krajevima sveta". On je tražio da car postavlja Srbima ne samo patriarha i episkope, nego i sveštenike. Patriarh ne sme preduzimati ništa ne samo protiv sveštenih lica, koja bi primila uniju, nego ni protiv manastira, koja bi tako, prostim aktom samovolje, imala preći u tuđe ruke. "Ako se te privilegije već ne mogu izmeniti ili skratiti, to neka se bar od reči do reči potvrde ili takvim tamnim izrazima i dvosmislenim rečima izlože, koje bi se, u razna vremena, mogla sad ovako, a sad onako razumeti i tumačiti; uz to bi valjalo sve to samo privremeno i sa izvesnim klauzulama potvrditi, kako bi kasnije, u zgodno vreme, ti šizmatici, kao i ostali akatolici, kad im više ne budu smetale slične privilegije rimske crkve, sa crkvom katoličkom, i protiv volje njihove, lakše se spojiti mogli". "Radi općeg dobra i veće koristi po službu ćesarovu trebalo bi tako dugo oklevati posle smrti sadanjeg patriarha sa postavljanjem drugog, dok to ne bi sa svim prešlo u zaborav, te kad on umre tada ne će biti koga, koji bi mogao posvećivati i nadomešćivati one vladike, koje se budu među tim s rimskom crkvom spojile, a ovi bi tada postepeno potrudili se, da sjedine s rimskom crkvom njihove igumane, kaluđere i sveštenike; - te će se tako postepeno bez ikakve sile, tokom vremena, svi oni sa rimskom crkvom sjediniti; a s narodom bi se tada postupilo onako, kako to budu prilike onoga vremena donele".

S obzirom na mađarski ustanak, i srpske vojničke usluge, i opšti položaj car nije mogao biti negativan prema Srbima, ali su za to u velikoj meri iskorišćeni Kolonićevi saveti. Izbegavala su se sasvim precizna jemstva i ostavljalo se mnogo poluotvorenih vrata. Nova potvrda srpskih privilegija cara Josifa I (s pomenom titule patriarha) potpisana je 7. avgusta 1706. Toga leta ustupljeno je patriarhu veliko dobro Dalj kod Osijeka. Međutim Arsenije III nije mogao dugo da ga uživa, jer je umro još te jeseni, 26. oktobra 1706.

Izbor novog srpskog verskog poglavice obavljen je tek početkom 1708. god. Naslednik Arsenijev, Isaija Đaković, koji mu je bio jedan od glavnih saradnika, ali s kojim se posle razišao, bio je oko patriarhove smrti imenovan za carskog savetnika zbog zasluga u turskom ratu i Rakocijevu ustanku. Đaković je biran za "prvjejšeg i načelnjejščeg mitropolita", a titula patriarha ostala je samo za pećkog nosioca. Srbi su, na svom zboru održanom u jesen 1707. u Karlovcima, bili tvrdo odlučili, da neće kidati zajednice s pećkom maticom i da će priznavati vrhovnu vlast pećkog patriarha, pa su to dostavili i u Beč. Novi srpski prvosveštenik u austriskoj državi imao je biti mitropolit krušedolske mitropolije. U Beču taj predlog nisu odmah prihvatili, "zbog opasnosti da se Srbi povrate natrag pod Turke i da bi se lakše mogla sprovoditi unija među njima". Ali kako Srbi od tog stava nisu otstupali oni su najposle popustili. Za mitropolitovo središte bi izabran manastir Krušedol, najveći i najčuveniji od svih u Fruškoj Gori. Novu autonomnu krušedolsku mitropoliju priznao je pećki patriarh Kalinik, i tako je očuvano jedinstvo srpske crkve. Druga struja, koju je s početka zastupao i sam Đaković, htela je, da srpska crkva u Austriji bude autokefalna, ali je ostala u manjini. Đaković je potom priznao pećsku patriaršiju i zakleo joj se; pod tim uslovom jedino mogao je i biti izabran. Novi mitropoliti, posle nagle Đakovićeve smrti (20. jula 1708.), stanovali su pretežno u Karlovcima, na Dunavu, na pitomoj padini Fruške Gore, pa je nova mitropolija uskoro dobila naziv karlovačka, koji joj je ostao sve do naših vremena. Isaijin protivkandidat, Stevan Metohijac, sremski mitropolit, postao je njegov naslednik, ali nije izdržao na svojoj novoj dužnosti ni punu godinu dana. Umro je 27. aprila 1709. Novi mitropolit Sofronije Podgoričanin, slavonski vladika, bio je, kao i prethodnik mu, doseljenik iz južnih oblasti. Kao i ona dvojica i on je na upravi crkve ostao vrlo kratko vreme, do smrti, koja ga je zadesila na samom početku 1711. god. Ovo naglo umiranje srpskih prvosveštenika izazivalo je u narodu sumnje, da po sredi nisu bila čista posla, ali se nije moglo ništa utvrditi, što bi dalo opravdanja toj sumnji.

Austriske vlasti, koje u prvi mah, 1708. god., nisu mogle sprečiti da Srbi svečano i jasno naglase svoj odnos prema Pećkoj patriaršiji, nisu ipak napustile svog plana. Već prilikom zakletve caru, mitropolitu Sofroniju 1710. god. nije bilo dozvoljeno da se u isti mah zakune i pećkom patriarhu. Ali Srbe to nije mnogo pokolebalo. Kao jedan posredan odgovor na to bila je odluka, da se na upražnjenu mitropoliju izabere ponovo jedan čovek s juga, Vićentije Popović Janjevac, a kao neposredni odgovor bilo je njegovo stalno održavanje tih veza.