U Bosni su muslimani bili na naročitom oprezu. Među hrišćanima se mutilo na više strana i oni su s toga nalazili, da nije vreme slabosti i popuštanju, nego da treba imati čvrstu ruku. U odnosu prema hrišćanskim kmetovima pojedini begovi nisu imali mnogo obzira, nego su primenjivali krut metod sile. Posle ugušene Gradaščevićeve bune uvedena je za kmetovska davanja trećina, što je uz ostale poreze, kupljene s mnogo brutalnosti, teško palo na i inače prilično golog i iscrpelog zemljoradnika. Izgleda, da su se i begovat i harački činovnici žurili, da čas pre nadoknade štete i gubitke povodom bune. Pritisak je bio toliki, da su čak i susedne austriske vlasti upućivale opomene bosanskom veziru. Videći to nezadovoljstvo pop Pavle Tvrtković, poznat posle radi afere sa izdavanjem prve knjige starih srpskih povelja, čovek sumnjivih moralnih kvalifikacija, radio je iz Šapca na tom, da se u severoistočnoj Bosni podigne buna, koja bi možda mogla doneti izvesne koristi Srbiji. Knez Miloš je presekao taj rad u svojoj zemlji, da se ne zameri Turcima, ali je ustanak ipak izbio. Digao ga je pop Jovica Ilić u nahijama derventskoj i gradačačkoj, u martu 1834. Ustanak je bio rđavo organizovan i brzo je ugušen, ali je ostavio duboka traga. Dve godine potom izvršili su Austrijanci jedan upad kod Izačića radi izvesnih lokalnih sukoba, što je dalo nove hrane sumnjama protiv hrišćana. Po tvrdom uverenju dobrog dela bosanskih begova otpor protiv reforama bio je borba za održavanje muslimanskih pozicija na ugroženoj granici. I oni su s toga celo vreme pravili sve moguće teškoće vezirima, koji su hteli da izvršuju carske naredbe, podnoseći pri tom ne male žrtve.

Od 1839. god. Bosna je kipela. Energični Mehmed Vedžihi paša ugušio je pre toga i tada nekoliko lokalnih pokreta, od kojih je najveći bio u bogatom i uvek svojevoljnom Sarajevu. Njegov naslednik, Husrev Mehmed paša, bio je smenjen 1844. god., pošto je pretrpeo poraz od Krajišnika. Karakteristična je činjenica za stanje duhova, da hatišerif đilhanski nije u Bosni uopšte nikad bio objavljen. Austriski konzul Atancković izveštavao je svoju vladu, da je stanje u zemlji neodrživo. Porta, odnosno njeni veziri, nisu smeli da stvari izvedu do kraja, a polovne mere nisu mogle da zadovolje nikog. Stare pristalice sultanove, kao Ali-paša i Smajil-aga Čengić pomagale su opoziciju. Sam Ali-paša nije hteo da kvari mnogo stari rad i sve se više pokazivao kao čovek koji ne odobrava carigradske mere. Kad je 1848. god. došlo do nemira u susednoj Austriji, odnosno do mađarske bune i pokreta Srba i Hrvata, bosanski vezir Tahir-paša počeo je s intenzivnijim radom na prikupljanju bosanske omladine za nizam. To dade povoda jakom novom ustanku. Tahir-paša nije ustao da silom slomije ustanike, nego se morao s njima pogađati, što očevidno nije išlo u prilog jačanju autoriteta carske vlasti.

Posle sloma mađarske revolucije i pošto je reakcija zavladala na celoj liniji rešila se Porta, da i ona u Bosni silom uvede red. Uputila je tamo veoma sposobnog i odlučnog Omer-pašu Latasa, jednog poturčenog Srbina iz Like, koji je bio počeo svoju karieru u austriskoj službi. Sa nekih 8.000 vojnika prvenstveno Anadolaca, i 34 topa došao je on u leto 1850. u Sarajevo i odmah pritegao uzde. On je premestio i vezirsko sedište iz Travnika u taj grad. Bez mnogo oklevanja Omer-paša se uputio u Krajinu. Otpor uplašenih bosanskih begova tu i u dolini Bosne bio je nejednak, ali uporan. Odličan vojnik, Omer im nije dao da se priberu i povežu. On je slomio i hercegovačkog vezira Ali-pašu. Pašini ljudi pokušali su na Lipetama kod Konjica da zaustave sultanovu vojsku, ali su bili razbijeni. Kad je Omer stigao u Mostar svrgao je starog vezira i osramoćena dao provesti kroz grad na magarcu, s magarećim repom u ruci. Poveo ga je posle sa sobom i u Krajinu. Pred Banjom Lukom "omakla" se jednom stražaru puška, od koje je smrtno pogođen pao poslednji feudalni gospodar Hercegovine, 1854. god. Omer-paša bio je strog i nepopustljiv. Mnogo begova izginulo je u borbama, a preko 400 poslao je u teškom sindžiru u Carigrad. Austriski konzul javljao je više puta, da su pobede sultanove vojske delovale na muslimansko stanovništvo veoma bolno. Ono je u duši bilo uz svoje vođe i osećalo je, da s njihovim porazom pada stari poredak, koji im je, i pored svih nedostataka, bio drag, jer je bio njihov. U Omer-paši gledali su starog kaurina, koji proliva krv pravovernih bez milosrđa. I mrzeli su ga beskrajno. Ovim borbama beskompromisni paša skršio je moć i uticaj bosanskog begovata i podvrgao ga carskoj volji. Slomivši ga on je, u stvari, završio tim aktom Srednji Vek u Bosni, pošto je u velikoj meri dokrajčio feudalne tradicije i teško pogodio njegove pretstavnike.