Srpska crkvena lica nisu bila zadovoljna ohridskom vrhovnom upravom. Oko 1528. god. javio se i otvoren pokret protiv nje. Postoji mišljenje, da je stvarna vlast ohridske crkve uvedena malo pre toga i to saradnjom poturčenog Grka Igrahim-paše, koji je 1523. god postao veliki vezir. Ali je isto tako moguće, da je do sukoba došlo izvesnim merama novog ohridskog arhiepiskopa Prohora. Kad su srpski episkopi odbili da izvršuju njegove naredbe Prohor je 1528/9. sazvao crkveni sabor u Ohridu, koji je osudio tu pojavu i tražio red u crkvi. Na tom saboru učestvovalo je i nekoliko srpskih episkopa južno od Morave. Na čelo srpske opozicije stavio se smederevski episkop Pavle. To je bio aktivan i izuzetno energičan čovek, koji nije zazirao ni od nasilja. Ima jedno nedatirano pismo vlaškog gospodara Jovana Radula, kojim se on, na osnovu akta poljskog kralja, preporučuje vlastima, da mu ne prave smetnje kad kupi milostinju. Pavle je, čineći to, proputovao Rusiju, Poljsku i Vlašku i bio svakako čovek širih vidika. S nekoliko episkopskih sumišljenika on je 1530. god. proglasio otcepljenje srpske crkve od ohridske i uzeo vrhovnu vlast u svoje ruke. Protivnici su govorili, da se za te ciljeve služio novčanim sredstvima i necrkvenim vlastima. O razdoru u crkvi govorilo se u to vreme po velikom delu praoslavnog sveta. Sam Prohor obratio se svoj četvorici vaseljenskih patriarha i oni su u septembru 1531. zajedničkim aktom osudili Pavlov postupak. Posle toga sazvan je u Ohridu novi crkveni sabor, koji je 13. marta 1532. doneo energične zaključke. Pavle je bio isključen iz crkve, a s njim i svi episkopi i sveštenici koje je on rukopoložio. Na tom saboru učestvovala je i većina srpskih episkopa i pristala je na to možda iz straha, videći odlučan stav Prohorov i ostalih pretstavnika crkve, a možda i s toga što je bila nezadovoljna s Pavlom. Ali to ovog nije zbunilo. On je nastavio borbu još ljuće. Od svojih jednomišljenika dao se oglasiti za patriarha srpskog. Nekako mu je pao u ruke i sam Prohor, pa ga je s nekim od neprijateljskih episkopa dao bez mnogo obzira zatvoriti. Izgleda, da su njegove pristalice prodrle u ohridsku arhiepiskopiju, jer su se dočepale Prohora "zajedno sa svima vlastima njegove crkve." Neke je episkope smenio i zamenio drugim. Jasno je, prema tome, da je Pavle za svoje tako silovite mere morao imati vrlo moćnih pomagača. Iz crkvenih optužbi vidi se, da je imao nekih veza s Portom i da su mu turske vlasti u izvesnoj meri izlazile u susret.

Arhiepiskop Prohor spasao se nekako iz tamnice, pa je otišao u Carigrad na tužbu samom sultanu. Sultan je naredio, da se on vrati na svoj položaj u Ohridu i da sabor ohridske crkve donese odluke o daljem radu. I carigradski patriarh bio je, razume se, na njegovoj strani. Na novom ohridskom saboru Pavle je bio osuđen i konačno isključen iz crkve sa tri episkopa kratovskim, leskovskim i zvorničkim, i s njim i svi oni koji bi se njima obratili u ma kojoj crkvenoj stvari. Taj treći sabor održan je bio 1541. god. Jedan naš pisar iz 1537. god. s bolom je zabeležio, kako pravoslavni behu "u ta leta nužna skrbni i nenavisni od svih koji su tih vremena dolazili".

Posle ove nove osude Pavle je bio onemogućen. Turske vlasti nisu ga smele pomagati posle sultanova rešenja. U samom Ohridu iza Prohorove smrti izabran je za arhiepiskopa raški mitropolit Simeon (1550. god.), ali je posle nekoliko meseci morao otstupiti, jer su Grci na tom mestu hteli svog čoveka. To je dalo povoda novim objašnjenjima i oživelo je sećanja na Pavlov otpor. Da srpska jerarhija nije bila zadovoljna razume se samo po sebi. To je sigurno znao Mehmed-paša Sokolović, čiji je brat Makarije pripadao tom krugu. Na Porti, u taj mah, 1555. god., behu tri vezira Srbina: Rustem-paša Opuković, Ali-paša Semiz i Mehmed-paša Sokolović. Sva trojica su sigurno više volela Srbima nego Grcima, i sva trojica su nastavljala opštu liniju turske politike, da raji, po mogućstvu, učine život što snošljivijim i da Srbe pridobiju na svima linijama kao državi odan, elemenat. Njima se ima pripisati, a Sokoloviću u prvom redu, što je Sulejman Veličanstveni 1557. god. obnovio srpsku pećku patriaršiju i tim srpskoj crkvi dao novog poleta.

Za delo srpskog narodnog ujedinjenja pećka obnovljena patriaršija učinila je najviše. Ona je prihvatila vođstvo u narodu, kad drugog vođstva nije više uopšte bilo. Mesto vlastele, koja je, kad je bila i najbolja, gledala ipak uvek i na svoje interese i opredeljivala se i prema njima, sveštenstvo je, u to vreme, bilo pouzdaniji vođa. Ono je bilo nošeno jednom idejom i trudilo se da joj služi i koristi; i ma kakvo da je bilo ono je bilo, ipak, najobrazovaniji deo srpskog društva. Mada nisu raspolagali sa onakvim sredstvima kakva je imalo srpsko sveštenstvo Srednjeg Veka, naša sveštena lica XVI veka nisu, ipak, bila bez više kulture. Ona su putovala mnogo, ulazila u razne sredine, i razumevala mnogo problema. Više je njih u Mlecima učilo štamparski zanat i pratilo knjigu; poneki su, u političkim misijama, dopirali i do Beča i do Rima. Patriaršija je živo pregla da uspostavi i ojača veze sa celim pravoslavnim elementom svoga područja. S materialnim pribiranjem išlo je i duhovno. Sva u tradiciji nemanjićske kulture, kojoj je zahvaljivala svoj postanak i sjaj, patriaršija je bila duboko nacionalna i širila je kult te stare srpske slave, koja je njoj samoj davala punu slobodu i materialno blagostanje. Obnovljenu patriaršiju više su zanimala opštenarodna nego dogmatska ili čisto bogoslovska pitanja. Njoj je bilo preče da kultom narodne prošlosti i propovedanjem narodne i verske solidarnosti čuva srpske redove od islamizacije, nego da prati zahuktalu versku borbu na zapadu i sve njene motive.